Les procureurs ont indiqué qu’Ali al-Essaoui, qui a été vice-Premier ministre par intérim du CNT avant de démissionner de son poste après la mort de Younès, a été le principal suspect accusé d’implication dans l’assassinat du général.
Essaoui a démenti les allégations à son encontre. Dans un entretien accordé par téléphone à la chaîne de télévision libyenne Awalen TV, il a affirmé : "Je n’ai jamais signé aucune décison liée à Abdel Fattah Younès. Tout le monde en Libye veut la vérité."
Selon les rapports, le général Younès a été tué après que des membres du CNT l’eurent rappelé de la ligne de front en lui demandant de revenir à Benghazi, ville où était basée le CNT à cette période.
Younès appartenait à la grande tribu des Obeïdi, qui compte environ 90 clans et quelque 400 000 personnes en tout. La tribu a demandé qu’une enquête approfondie soit menée afin d’élucider les circonstances de sa mort.